Der Hokage (火影, "Feuerschatten") ist der Anführer Konohas. Er zählt zu den Kage, welche die fünf großen Ninjadörfer leiten. Konohagakure hatte bis jetzt fünf Hokage, seit der Erste Hokage das Dorf vor 60 Jahren gegründet hat. Sie alle arbeiten in der Residenz des Hokagen. Der aktuelle Hokage ist Tsunade, der Fünfte Hokage. Sie ist zudem auch die einzige weibliche Person, die bisher Hokage geworden ist. Die Hokage galten immer als die stärksten Ninja in Konoha, es ist aber keine bindende Voraussetzung. Es kommt vor, dass es noch einen oder mehrere Ninja gibt, welche dem Hokage überlegen sind. Den Titel Hokage behalten sie solange, bis sie sterben oder den Titel weitergeben. Falls ein Hokage vorzeitig stirbt, bevor er einen Nachfolger bestimmen konnte, wird der Nächste vom Konoha-Rat ausgewählt.
Der Erste Hokage
Der Erste Hokage (初代火影, "Shodai Hokage") ist der Bruder des Zweiten Hokage und der Großvater von Tsunade und Nawaki gewesen. Er hieß Hashirama und erbaute damals mit Madara Uchiha Konohagakure. Es heißt, er habe die Kräfte der Bijū kontrollieren können. Ein paar seiner Zellen sind von Orochimaru in Yamato verpflanzt worden, wodurch er auch sein spezielles Jutsu beherrscht. Im Tal des Schicksals kämpfte er einst gegen Madara Uchiha, da Madara und er verschiedene Auffassungen über die Zukunft Konohas hatten. Diesen Kampf hat jedoch der Erste Hokage gewonnen. Er hat dem Senju-Clan angehört und hat als erster Ninja überhaupt das ElementMokuton beherrscht. Als Orochimaru Konohagakure zerstören wollte, ist er von ihm mit einem Kin-Jutsu wiederbelebt worden und hat gegen den Sandaime Hokage kämpfen müssen.
Der Zweite Hokage
Der Zweite Hokage (二代目火影, "Nidaime Hokage") ist der jüngere Bruder des Ersten Hokage und Tsunades Großonkel gewesen. Er hat einen großen Teil dazu beigetragen, dass Konoha eine der größten Mächte geworden ist und die Konoha Polizei gegründet. Er hat sehr gut mit Wasserjutsus umgehen können. Außerdem hat er Wasser benutzen und beherrschen können, ohne dass dieses überhaupt vorhanden gewesen ist. Eine dieser Fähigkeiten ist die "Wasser-Schockwelle" (水遁・水衝波, "Suiton: Suishōha") gewesen, welche ihm erlaubt hat, einen großen Wasserkörper zu formen und damit den Gegner anzugreifen. Er ist der Lehrer des Dritten Hokage, Homura Mitokado und Koharu Utatane gewesen und derjenige, der den Dritten Hokage als seinen Nachfolger ausgewählt hat.
Der Dritte Hokage
Sarutobi im höheren Alter
Der Dritte Hokage (三代目火影, "Sandaime Hokage") und seine früheren Teamkamaraden, Homura Mitokado und Koharu Utatane, sind Schüler des Ersten und Zweiten Hokage gewesen. Wegen seines Nachnamens Sarutobi (猿飛, "Sarutobi") nannten ihn der Erste und der Zweite "Affe" (猿 Saru bedeutet wörtlich "Affe""). Später wurde er der Meister von Jiraiya, Orochimaru und Tsunade, den Sannin.
Der Dritte ist wegen seines enormen Wissens über Jutsu "Professor" (プロフェッサー, "Purofessā") genannt worden. Während dem einzigen Kampf, bei dem er zu sehen ist, benutzt er eine Vielzahl von Attacken, die auf Feuer und Erde basieren. Zusätzlich zu diesen Jutsu kann er eine Neutralisierungstechnik (術消, "Jutsu Shō") anwenden, welche es ihm erlaubt, den gegnerischen Angriff zu stoppen bzw. zu verhindern, indem er gleich viel Chakra benutzt. Der Dritte kann zudem den Affenkönig Enma beschwören, der die Fähigkeit besitzt, sich in einen Stab zu verwandeln, dessen Kontrolle von Sarutobi optimiert worden ist. Trotz all dieser Fähigkeiten ist der Dritte ein wenig lüstern gewesen, denn er hat eine Menge Zeit mit jungen Frauen verbracht. Als Jiraiya noch sein Schüler gewesen ist, hat dieser ihm angeboten, ein Jutsu zu lernen, welches ihm ermöglichte, unbeobachtet zu spannen.
Der Vierte Hokage
Der Vierte Hokage (四代目火影, "Yondaime Hokage") ist Minato Namikaze, der den neunschwänzigen Fuchsdämon in Naruto Uzumaki versiegelt hat. Durch das spezielle Jutsu, das er dabei anwendet, stirbt er. Doch vor seinem Tod bittet er die Dorfbewohner Konohas, Naruto nicht als Monster, sondern als Helden zu sehen, was aber von vielen nicht beachtet wird. Sein Sensei ist damals Jiraiya, der zu den legendären Sannin gehört. Der Vierte Hokage entwickelt auch das Rasengan und beherrscht das Element Fūton, war aber nie in der Lage, beides miteinander zu kombinieren.
Er zeigt laut verschiedener Aussagen eine Reihe von Gemeinsamkeiten mit Naruto und dieser versucht ihm nachzueifern. In seiner Jugend ist der Vierte mit zwei anderen Ninja, über die bis jetzt weiter nichts bekannt ist, Schüler von Jiraiya. Später wird er Lehrer von Kakashi Hatake, Obito Uchiha und Rin. Er gilt als einer der größten Ninja, die jemals aus der Geschichte von Konoha hervorgegangen sind. Er entwickelt einige Techniken, wie die Technik des Fliegenden Donnergottes, die es ihm erlaubt, sich mithilfe eines Siegels blitzschnell an jede beliebige Stelle zu bewegen. Diese Fähigkeit hat ihm den Spitznamen "Konoha no Kīroi Senkō" (木ノ葉の黄色い閃光, "Konohas Gelber Blitz") eingebracht. Er ist mit Kushina Uzumaki verheiratet und der Vater von Naruto.
Der Fünfte Hokage
Tsunade ist der Fünfte Hokage (五代目火影, "Godaime Hokage"). Sie ist die Enkelin des Ersten und gehört zusammen mit Orochimaru und Jiraiya zu den Drei Legendären Sannin. Tsunade ist zusammen mit Orochimaru und Jiraiya die Schülerin des Dritten Hokage gewesen. Sakura, Ino und Shizune sind Tsunades Schülerinnen. Tsunade sieht jung aus, ist aber in Wahrheit mehr als 50 Jahre alt.Ihre Amtszeit endet, als sie ins Koma fällt. Nach dem Tod ihres Nachfolgers wird sie, als sie wieder aus dem Koma erwacht, erneut in ihr fürheres Amt eingesetzt.